Leiren lå 35 km øst for Gdansk. Leiren var planlagt som interneringsleir allerede før tyskernes invasjon av Polen. Dagen etter invasjonen begynte polske fanger fra Gdansk byggingen av leiren. De første fangen ble innregistrert allerede 10. september 1939.
Opprinnelig skulle leiren være en leir for sivile mannlige fanger, men i november 1941 ble den en spesialleir drevet av SS og 13. januar 1942 ble leiren formelt sett en konsentrasjonsleir. Fra januar 1941 kom også kvinner til leiren. Før 1942 ble leiren brukt til å utrydde den polske intelligensiaen, senere kom det fanger fra mange europeiske land dit.
I 1942 begynte større utvidelser som ble fullført samme høst og nye utvidelser av leiren var planlagt gjort i 1944. Planen var at leiren skulle kunne ha 100.000 fanger på samme tid, 35.000 mer enn det høyeste antallet fanger som ble registrert sommeren 1944. En polsk kommisjon antok i 1946 at 102.000 fanger hadde vært i leiren i tiden 1939-45, og av disse var 85.000 omkommet. Antallet på norske fanger var 334 menn og 18 kvinner, i tillegg var 9 nordmenn på utekommando i Gotenhafen (Gdynia).
Gasskammeret i Stutthof
Stutthof hadde nesten 40 uteleirer, de to største var for jødiske kvinner. På grunn av de harde betingelsene i leiren kan Stutthof i praksis betraktes som dødsleir frem til 1943, spesielt for de jødiske fangene. Våren 1944 ble det bygget et eget gasskammer til leiren, men allerede samme sommer var kapasiteten for liten og det ble benyttet spesielt innrettede jernbanevogner. Gassing av fanger forsatte til utpå høsten 1944. Fra sommeren 1944 ble nyankomne fanger drept med gass umiddelbart etter ankomst og nesten samtlige av de 50.000 jødene som ble sendt til Stutthof, ble drept.
På grunn av russernes vinteroffensiv i midten av januar 1945 ble ca. 38.000 fanger sendt på dødsmarsj vestover til Vest-Preussen. Av disse fangene regner en med at ca. 30.000 omkom. Ny evakuering av leiren ble foretatt 25. april 1945. Disse ca. 4.500 fangene ble hentet med landgangsbåter til festningsbyen Hela og derfra med elvelektere til Neustadt i Holstein hvor de ble befridd av engelskmenn. Stutthof ble befridd av sovjetiske tropper 1. mai 1945.
I dag er det på en del av det gamle leirområdet et museum med ulike minnesmerker.